La Auditoría Interna de la Universidad Santo Tomás orienta su labor al fortalecimiento de los procesos institucionales mediante la evaluación independiente y objetiva de los sistemas de control interno, la gestión de riesgos y la gobernanza universitaria. Ejerce funciones preventivas, de asesoría y apoyo administrativo, orientadas a verificar el cumplimiento del control interno conforme a las políticas institucionales, la normatividad vigente y los principios tomasinos. Su objetivo es salvaguardar los intereses académicos y económicos de la Universidad, promover el autocontrol y contribuir al desarrollo de una cultura de mejoramiento continuo y transparencia institucional.